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4月に新卒社員が入社した場合、健康保険や雇用保険の控除はいつから始まるのでしょうか？
弊社は末締め・翌5日払いなのですが、5月の最初の給与から控除を行う形で計算してよいでしょうか？
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はい、ご質問者様のおっしゃるとおり、5月の最初の給与（5月5日支給の給与）から控除を行う形で計算して問題ありません。
雇用保険料の控除は給与を支払う都度行いますので、5月の初めての給与から天引きになります。
健康保険料、厚生年金保険料については、当月支払う給与から、前月分の保険料を控除するのが原則です。一般的に、4月分の保険料は「5月に支給する給与」から控除し、5月31日までに納付する（ご指定の口座から引き落とされる）イメージになります。
御社の場合も、末締め翌月5日払いとのことですので、5月5日に支給する給与から4月分の保険料を控除されるとよいかと思います。
5月支給の給与から4月分の社会保険料を控除、雇用保険料はその都度計算
新卒社員が4月に入社した場合、社会保険料の控除がいつから始まるのか迷われることもあるかと思います。雇用保険料は給与を支払うごとに控除するため、5月の給与（5月5日支給分）から控除が始まります。計算方法は「給与総額 × 雇用保険料率」で求められ、控除額は毎月の給与に応じて変動します。
一方、健康保険料や厚生年金保険料は前月分を当月支給の給与から控除するのが原則です。そのため、4月分の保険料は5月の給与から控除し、5月末までに納付する流れとなります。社会保険料は標準報酬月額に基づいて算定されるため、毎月一定額となり、給与の変動による影響はすぐには受けません（固定的賃金に大きな変動があった際の「随時改定」等により、標準報酬月額が見直され、保険料が変更されることはあります）。
社会保険の計算や手続きには細かなルールがあり、誤ると会社や従業員に影響を及ぼすこともあります。確実な手続きを行うためにも、専門家のサポートを活用するのがおすすめです。
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