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4月に新卒社員が入社した場合、健康保険や雇用保険の控除はいつから始まるのでしょうか?
弊社は末締め・翌5日払いなのですが、5月の最初の給与から控除を行う形で計算してよいでしょうか?
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はい、ご質問者様のおっしゃるとおり、5月の最初の給与(5月5日支給の給与)から控除を行う形で計算して問題ありません。
雇用保険料の控除は給与を支払う都度行いますので、5月の初めての給与から天引きになります。
健康保険料、厚生年金保険料については、当月支払う給与から、前月分の保険料を控除するのが原則です。一般的に、4月分の保険料は「5月に支給する給与」から控除し、5月31日までに納付する(ご指定の口座から引き落とされる)イメージになります。
御社の場合も、末締め翌月5日払いとのことですので、5月5日に支給する給与から4月分の保険料を控除されるとよいかと思います。

